Nutricellscience

Définition et composition du microbiote intestinal

Le microbiote intestinal correspond à l’ensemble des micro-organismes (principalement des bactéries, mais aussi des archées, virus et champignons) colonisant le tractus digestif humain. On estime qu’il contient environ 10¹³ à 10¹⁴ micro-organismes, avec un patrimoine génétique (microbiome) largement supérieur à celui du génome humain.

Chez l’adulte sain, le microbiote est dominé par les phylums Firmicutes et Bacteroidetes, suivis des Actinobacteria, Proteobacteria et Verrucomicrobia. Sa composition est relativement stable mais reste modulable, en particulier par l’alimentation.

Rôle physiologique du microbiote

Le microbiote intestinal exerce plusieurs fonctions majeures :

• Fonction métabolique : fermentation des substrats non digestibles, synthèse de vitamines (K, B9, B12), production d’acides gras à chaîne courte (AGCC)
• Fonction immunitaire : maturation du système immunitaire, régulation des réponses inflammatoires
• Fonction de barrière : compétition avec les pathogènes, maintien de l’intégrité de la muqueuse intestinale
• Fonction neuro-endocrine : communication avec le système nerveux central via l’axe intestin-cerveau

Un déséquilibre de cette communauté microbienne, appelé dysbiose, est associé à de nombreuses pathologies : maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, syndrome métabolique, obésité, diabète de type 2, allergies, troubles neuropsychiatriques.

Les fibres alimentaires comme substrats microbiens

Les bactéries intestinales tirent l’essentiel de leur énergie de la fermentation des fibres alimentaires, regroupant :

• Fibres solubles (pectines, bêta-glucanes)
• Fibres insolubles (cellulose, lignine)
• Amidon résistant
• Oligosaccharides non digestibles (FOS, GOS)

Ces substrats sont métabolisés dans le côlon par des bactéries spécialisées, entraînant la production d’acides gras à chaîne courte (acétate, propionate, butyrate).

Le butyrate, en particulier, constitue la principale source d’énergie des colonocytes et joue un rôle clé dans :

• le maintien de la barrière intestinale,
• la modulation de l’inflammation,
• la régulation de l’expression génique via des mécanismes épigénétiques.

Aliments fermentés et apport microbien exogène

Les aliments fermentés contiennent des micro-organismes vivants (principalement des bactéries lactiques et des levures) susceptibles d’interagir avec le microbiote résident. Bien que la colonisation soit généralement transitoire, ces micro-organismes peuvent :

• renforcer la diversité fonctionnelle,
• produire des métabolites bioactifs,
• moduler l’immunité intestinale.

Les effets bénéfiques observés dépendent fortement de la matrice alimentaire, des souches microbiennes et de la fréquence de consommation.

Facteurs alimentaires délétères pour le microbiote

Certaines pratiques alimentaires altèrent la diversité et la stabilité du microbiote :

• Régimes pauvres en fibres
• Consommation élevée d’aliments ultra-transformés
• Excès de sucres simples
• Additifs alimentaires (émulsifiants, édulcorants artificiels)
• Consommation chronique d’alcool

Ces facteurs favorisent une augmentation de la perméabilité intestinale (« leaky gut »), une inflammation de bas grade et une prolifération de bactéries opportunistes.

Influence du mode de vie

Au-delà de l’alimentation, plusieurs paramètres influencent la composition du microbiote :

• Stress chronique, via l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien
• Rythme circadien et sommeil, impactant les cycles bactériens
• Activité physique modérée, associée à une augmentation de la diversité microbienne
• Exposition environnementale, notamment en milieu naturel

Ces facteurs interagissent étroitement avec les apports nutritionnels.

Probiotiques, prébiotiques et symbiotiques

• Probiotiques : micro-organismes vivants conférant un bénéfice pour la santé lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate
• Prébiotiques : substrats sélectivement utilisés par les micro-organismes de l’hôte
• Symbiotiques : combinaison des deux

Les données actuelles indiquent que les probiotiques ont des effets spécifiques aux souches et aux indications cliniques. Leur efficacité dépend fortement de l’environnement alimentaire, en particulier de la disponibilité en fibres fermentescibles.

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Conclusion

Nourrir le microbiote intestinal repose sur une approche fondée sur la diversité alimentaire, l’apport régulier de fibres fermentescibles, et la limitation des facteurs perturbateurs. Le microbiote apparaît aujourd’hui comme un organe fonctionnel à part entière, au carrefour de la nutrition, de l’immunologie et du métabolisme.